La expresión de la PEPCK puede estar regulada por insulina, glucocorticoides, glucagón, cAMP y dieta. A niveles bajos de glucosa, cataliza la conversión cataplerótica de oxalacetato en fosfoenolpiruvato (PEP), es paso limitante de la vía metabólica que produce glucosa a partir del lactato y otros precursores derivados del ciclo del ácido cítrico. A niveles altos de glucosa, cataliza la conversión anaplerótica de fosfoenolpiruvato en oxaloacetato.